Početkom 90-ih godina XX vijeka došlo je do građanskog rata i raspada socijalističke Jugoslavije. Mnogi profesori i učenici nesrpske nacionalnosti napustili su Gimnaziju i Banju Luku a, sa druge strane, u njima su se obrele njihove srpske kolege izbjegle iz Hrvatske i drugih dijelova Bosne i Hercegovine. Osim toga, rat i ratna psihoza su donijeli i mnoge druge nevolje: pomjeranja polugodišta ka ljetnim mjesecima usljed nedostatka struje i grijanja, nestašicu udžbenika i nastavnih sredstava, česte traumatične situacije, opštu nemaštinu i borbu za golu egzistenciju.
U međuvremenu, 1993. godine donesen je novi nastavni plan i program za gimnazije u Republici Srpskoj po kome su predviđena tri smjera: opšti, društveno-jezički i prirodno-matematički.
Uz dosta muke nastava u Gimnaziji tekla je redovnim tokom, a poslije Dejtonskog mira je potpuno normalizovana. Oktobra 1995. navršio se vijek postojanja naše škole. Međutim, zbog tek okončanog rata, proslava ovog velikog jubileja organizovana je sljedeće, 1996. godine. Tim povodom u Gimnaziji i gradu održane su mnoge manifestacije, a publikovana je i monografija „100 godina banjalučke Gimnazije”.
Dejtonskim mirovnim sporazumom 1995. godine okončan je rat u BiH, ali mnogi problemi su i dalje ostali. Ipak, uslijedio je vidan materijalni i svekoliki oporavak Gimnazije: narednih 15-ak godina škola je modernizovana, opremljena savremenim nastavnim sredstvima, te računarskom i drugom opremom.
Dana 4. oktobra 2009. godine, na Dan škole, osnovano je i „Društvo za njegovanje tradicije Gimnazije Banja Luka – Gaudeamus”. Tačno godinu dana kasnije, Gimnazija Banja Luka obilježila je 115. rođendan. Tim povodom izdata je jubilarna poštanska markica, a sačinjena je i omanja ilustrovana monografija pod naslovom „Gimnazija Banja Luka na Trgu istorije od 1895. do 2010. godine”, uporedo na srpskom i engleskom jeziku. Gimnazija je u to vrijeme registrovana kao izdavač, a spomenuta knjiga bila je prvo samostalno izdanje naše škole. Povodom 115 godina postojanja, sačinjen je i četrdesetpetominutni dokumetarni film „Mala priča o velikoj školi”, koji je premijerno prikazan 18. maja 2011. godine. Januara 2010. godine pokrenut je i Školski radio „Orfej’” a Gimnazija je ponovo domaćin zanimljivih kulturnih i sportskih dešavanja, izložbi, projekcija filmova, tribina, promocija knjiga, koncerata i raznih sportskih manifestacija. Istovremeno, ostvarena je i saradnja sa školama iz Srbije, Izraela, Italije.
Školske 2009/2010. godine – pored postojećih smjerova: opšteg, društveno-jezičkog i prirodno-matematičkog, u gimnazijama je uveden i računarsko-informatički smjer. Izučavajući neki od pomenuta četiri smjera, našu školu danas, 2019. godine, pohađa skoro 1300 učenika u 46 odjeljenja, a u njoj je zaposleno oko 120 profesora, bibliotekara, službenika i drugih radnika.
- http://www.gimnazijabanjaluka.org